El Decret 9/2017 a la Disposició addicional segona preveu que els òrgans col·legiats amb representació del Consell d'LGTBI són els següents:
Consell d'Infància i Família de les Illes Balears
Consell Social de la UIB
Consell de Salut Laboral de les Illes Balears
Consell de Serveis Socials de les Illes Balears
Consell de Participació de la Dona de les Illes Balears
Consell de la Joventut de les Illes Balears
S'ha afegit posteriorment a l'entrada en vigor del decret 9/2017 l'Observatori per a la Igualtat.
El Consell de Salut Laboral de les Illes Balears ha passat a ser el consell rector de l'Institut Balear de Seguretat i Salut Laboral (IBASSAL).
En la sisena sessió del Ple del Consell d'LGTBI, celebrada dia 11 de desembre de 2019, s'han ratificat algunes persones representants, així com també s'han escollit noves persones representants a alguns d'aquests òrgans, atès que s'ha modificat part de la composició de membres del Ple.
En la dissetena sessió del Consell d'LGTBI, celebrada el 24 d'abril de 2025, el plenari ratifica al vocal expert Antoni Aguiló Bonet com a vocal titular per representar al Consell d'LGTBI de les Illes Balears en el Consell de Cooperació i ratifica a la secretària titular, Maria Magdalena Castells Torrens com a vocal suplent.