Les principals funcions del Servei d'Aigües Subterrànies són:
- Registrar i catalogar les aigües.
- Tramitar els expedients de: perforacions de sondejos, autoritzacions d'explotació d'aigua subterrània, concessió d'explotació d'aigua subterrània, autorització d'instal·lació d'extracció d'aigua subterrània, autoritzacions d'instal·lacions elèctriques per a pous, inscripció en el Registre d'Aigües Públiques i en el Catàleg d'Aigües Privades.