Las principales funciones del Servicio de Aguas Subterráneas son:
- Registrar y catalogar las aguas
- Tramitar los expedientes de: perforaciones de sondeos, autorizaciones de explotación de agua subterránea, concesión de explotación de agua subterránea, autorización de instalación de extracción de agua subterránea, autorizaciones de instalaciones eléctricas para pozos, inscripción en el Registro de Aguas Públicas y en el Catálogo de Aguas Privadas.